В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним  авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.

Запятая перед союзным словом как нужна, так как в каждом случае оно вводит придаточное изъяснительное предложение: 1) понимание, как строятся новые модели; 2) знания, как создать новую последовательность. 

В данном случае используется тире в функции соединения, при нем ставятся пробелы: Петроград — Ленинград — Санкт-Петербург. 

Ваши рассуждения справедливы. Заметим лишь, что в данном случае прямая речь играет роль приложения при слове фраза, поэтому двоеточие перед ней не ставится; представляется также избыточным восклицательный знак в конце прямой речи. Рекомендуемый вариант: Раньше я не думала, что фраза «Хотеть не вредно», так часто повторяемая родителями, имеет такое противоречивое значение.

В данном случае слово всё употреблено в функции частицы, включать его в состав сказуемого нет оснований.

Фраза построена правильно. Оборот с предлогами от... до... не образует сочинительного словосочетания, и существительное море относится только к ближайшему прилагательному. Сравним: На обширном пространстве от Черного [моря] до Каспийского моря и На обширном пространстве Черного и Каспийского морей.

Правильно: 1 марта — День кошек в России.

Запятая не требуется. В этом предложении деепричастие играя имеет значение образа действия (обучаемся музыке как?).

Это неоднородные приложения, поэтому запятая не требуется.

Если подразумевается, что исполнительным органом является компания (не ООО), то верный вариант: Директору управляющей компании ООО «Жасмин», являющейся исполнительным органом ООО «Черёмуха».