В обоих случаях нужно поставить запятую.
Мягкое произношение предпочтительно.
Корректно написание через тире: в эоцене -- голоцене, с эоценом -- голоценом.
Правила, предписывающего в таких случаях использовать дефисы, нет. Корректно: лаборатория на чипе (возможно в кавычках, чтобы показать читателю, что это условное название).
Корректно раздельное написание.