Второй вариант, возможно, и нагружает текст визуально, зато однозначно показывает, что части предложения связаны друг с другом. Другие варианты показывают это не столь однозначно. 

Да, названия, написанные латиницей, обычно не заключаются в кавычки. Именно по той причине, что кавычки – выделительный знак, а написание латиницей в русском тексте само по себе является выделительным. Но если в тексте несколько подряд названий, оформленных латиницей, и их границы не видны, то выделительная функция латиницы пропадает. В этом случае кавычки как раз уместны, чтобы показать границы названий.

Правильно: Ограждения ОГ1—ОГ5. 

Между двумя (и более) словами, которые, сочетаясь друг с другом, означают пределы (значение «от… до» ) — пространственные, временны́е, количественные — ставится тире: С Казанского вокзала начнут отходить поезда с табличками «Москва — Кара-Бугаз , через Ташкент — Красноводск » (Пауст.); Ошибочно полагая, что культура конского каштана в северо-западных парках явление не XVIII—XIX веков, а более позднее, удалили все каштаны из Тригорского и с могильного холма Святогорского монастыря (Гейч.); Запасы нефти на Челекене очень невелики и должны быть исчерпаны за первые десять — пятнадцать лет добычи (Пауст.). То же при обозначении количества цифрами: Рукопись объемом 10—15 авторских листов.

Слово бот обозначает программу, которая действует автоматически, без участия человека. В русском языке такие слова, как правило, приобретают статус неодушевленного существительного и соответствующим образом склоняются: использовать боты, подключить бот, подписаться на бот. Вместе с тем отдельные группы имен существительных могут изменяться по падежам вариативно; см. примеры и объяснения в статье «Между эмбрионом и покойником: где расположены роботы на шкале одушевленности».

В дополнение отметим своеобразие синтаксической конструкции с глаголом используют. Если в предложении отсутствует подлежащее, то вариант конструкции используют ботов служит на пользу однозначности; ср.: Ботов используют для рассылки спама. Форма винительного падежа ботов ясно указывает на зависимый статус существительного (управляемый глаголом компонент со значением объекта действия). Это важный показатель, поскольку возможно предложение с сочетанием боты используют (и с обратным порядком слов используют боты), в котором существительное боты является подлежащим и обозначает субъект действия: боты могут взаимодействовать друг с другом и используют для этого интернет-сервисы. Наблюдения показывают, что всё чаще используются обороты, в которых слово бот склоняется по типу одушевленного существительного: мы создавали чат-ботов, создали продвинутого бота, разработаем бота.

В данном сложном предложении 4 простых.
Это сложносочиненное предложение с подчинением. 

Обе части склоняются, согласуясь друг с другом: три года (где?) в колонии-поселении, но три года (чего?) колонии-поселения.

Сочетание в свою очередь в функции обстоятельства имеет значение «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь» (Например: Я в свою очередь протянул ей руку и на этот раз крепко пожал ее холодные пальчики. И. Тургенев, Ася). В тексте о подобном речь не идёт (как верно замечено, субъекты не полемизируют друг с другом прямо), а значит, сочетание в свою очередь указывает на отношения между высказываниями и является вводным. 

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть. Постановка тире никак не мотивирована, тем более что и по смыслу части тесно связаны друг с другом: ...ставили археологов в тупик, пока не было обнаружено...

В конце предложения точка нужна.

В целом подборку можно резюмировать стихотворением «Страны разрушенной смятенные сыны...».

Вы написали верно (раздельно), поскольку в данном случае абсолютно близко по значению слову вовсе и подчеркивает отрицание.