Английское слово policy в данном случае можно было бы перевести более удачными эквивалентами: стратегия, принципы, нормы. Составители ГОСТа, по всей видимости, руководствовались сложившимся, устоявшимся переводом данного иноязычного термина (который очевиден в силу внешнего сходства слов политика и policy). При всех сомнениях относительно "удачности" перевода, говорить об ошибке составителей ГОСТа в данном случае не приходится.

В данном сочетании слово памятник используется в значении "сохранившийся предмет прошлого". Действительно, есть определенное противоречие в употреблении данного слова в сочетании памятник природы, поскольку указанное значение, как правило, характеризует предметы культурного наследия человека (памятники старины,  памятники письменности, архитектуры и т. д.). Тем не менее сочетание памятник природы используется в качестве термина, в этом смысле его употребление корректно.

Населенный пункт — сочетание из официально-деловой, канцелярской речи, из военных сводок. В таких контекстах названия обычно даются как раз в несклоняемой форме. Кроме того, на несклоняемость в приведенном Вами предложении влияет и несовпадение рода термина (пункт — м. р.) и географического названия (Угодье — ср. р., Раздоловка, Малиновка — ж. р.). Так что несклонение объяснимо и корректно.

"Далее также" используется в том случае, если в дальнейшем тексте будет использовано не только названное сокращение, но и полный вариант термина либо другой способ сокращения, в случае если по условиям контекста использование первоначального сокращения невозможно. Так, в приведенном Вами примере слова "далее также" используются, поскольку в тексте требуется разграничить федеральных государственных гражданских служащих и государственных гражданских служащих субъектов Российской Федерации (и сократить эти термины соответственно).

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир. 

Вы приводите сведения о производных словах (не о значениях слов!). Как правило, помета "перен." ставится в тех случаях, когда семантическая связь между базовым и производным значениями  неочевидна (так, эта связь неочевидна между значениями 1 и 5 приведенного Вами примера). При таком понимании термина "переносное значение" (отсутствие семантически близкой, тесной связи между значениями базовым и производным) Ваше рассуждение верно. Однако возможно и другое прочтение: прямое значение - базовое, непроизводное; переносные значения - все, в которых присутствует (буквально!) метонимический или метафорический перенос (то есть все производные значения).

Если бесплатная бутылка воды для гостя толкуется как некий комплимент со стороны отеля (подобно комплиментам от шеф-повара в ресторане), то обсуждать следует прилагательное комплиментарный. Но возникает вопрос о том, используется ли это прилагательное для характеристики подобных угощений? Примерами, подтверждающими такое употребление, мы не располагаем. Прилагательное комплементарный выражает значение 'дополнительный, дополняющий' и в качестве термина употребляется в особых областях знания и деятельности, например в биологии и в физике. Это значение объяснимо: прилагательное представляет собой производное от слова комплемент в значении 'дополняющая часть, структура'.