Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно:  ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...

Запятая после и не нужна. Обратите внимание, что предложение построено небезупречно: используются однокоренные слова (казалось и оказывается), есть путаница с временами глаголов.

Первая запятая (перед как) ставится между частями сложноподчиненного предложения. Вторая запятая (перед атомы) ставится между однородными подлежащими.

Обратите внимание, что сочетание соединяются в единое избыточно, его лучше избегать.

Запятая после получится не нужна, поскольку союз и соединяет однородные придаточные предложения.

Обратите внимание, что слово втайне пишется слитно.

Определение, относящееся к двум или нескольким существительным – однородным членам, ставится в форме единственного числа, если по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему существительному, но и к последующим. Таким образом, в Вашем примере рекомендуется использовать форму единственного числа.

Также обратите внимание, что слово стилистика здесь использовано некорректно, его следует заменить.

Запятая перед и действительно нужна. Обратите внимание, что сочетание укажем вам цену стилистически небезупречно, лучше написать, например: рассчитаем для вас цену.

Верно: Производитель ООО "Ромашка" выполнил...

Обратите внимание, что в предложении использованы однокоренные слова (производитель и производственное). По возможности фразу следует перестроить.

Верно: недовольство (чем?) ценностями. Таким образом, верен второй вариант. Обратите внимание, что 80-х пишется через дефис.

Корректно: смишный. Обратите внимание, что это слово уместно только в непринужденной разговорной речи.

Тире между подлежащим и именным сказуемым не ставится, если подлежащее выражено личным или указательным местоимением (в том числе это). Тире возможно при подчеркивании указания на данный предмет (в данном случае подчеркивания нет).

Обратите внимание, что запятая перед и лишняя, а после слова эксперимент не хватает запятой. Корректная пунктуация: По расчетам, так как у меня нет данных по продажам колес и это эксперимент, предлагаю закладывать зарплату в размере средней по региону.