В разговорной речи выражение с пустого места обычно употребляется в описаниях чьей-либо созидательной деятельности и в сочетании с такими глаголами, как начать, приступать, организовать, формировать, например: с пустого места дело начали; начинать не с пустого места; приступаем к расследованию не с пустого места; с пустого места дело не поставишь; страна, возникающая в каком-то смысле с пустого места. Кроме того, выражение может быть использовано в рассуждениях о причинах (началах) чего-либо, часто в конструкциях с отрицанием: не с пустого места взять (взялось); уверенность бралась не с пустого места; с пустого места чуть не наклепал. Вполне вероятно то, что встретившиеся Вам примеры немного отличаются, но, увы, судить об этом нельзя, так как ни один из них не упомянут.

В таком контексте так сказать можно: во втором предложении глагол-сказуемое повторяется относительно первого, что сдвигает логическое ударение на сравнительный оборот.

Ваше предположение верно. Запятая в указанной позиции нужна, чтобы закрыть придаточную часть внутри главной.