Правильно слитное написание: пусконаладка, пусконаладочные работы. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Слова "включающей в себя" говорят о том, что перечисленные далее функции присутствуют. Это не означает, что нет иных функций (перечень может быть не исчерпывающим).
Лучше написать: Пусконаладка системы, состоящей из... (если нужен исчерпывающий список).
Правильно слитное написание этого слова: пусконаладка.