Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Нужно руководствоваться словарными рекомендациями:

Орфографический словарь

Большой толковый словарь

Русское словесное ударение

1. Бабушка дремала и, казалось, не дышала.

2. Он, думая, что молчит, на самом деле говорил. Запятая перед союзом что разделяет главную часть и придаточную.

Запятую нужно поставить.

Словари отмечают, что женское имя Адель изменяется по третьему склонению (Адели, Аделью, об Адели). О татарской традиции, к сожалению, ничего сказать не можем.

Дефис нужен. Частица -то с предшествующим словом пишется через дефис.