Слово "непонятно", употребленное в роли сказуемого, может писаться и слитно, и раздельно с частицей НЕ. Раздельное написание уместно при интонационно-логическом подчеркивании отрицания.
Правильно: пока не подавал в отставку.
Запятая нужна. Но союз до тех пор пока требует отрицания. Поэтому верно: До тех пор, пока мелодия не стихла, ни один из нас не двинулся и Пока звучала мелодия, ни один из нас не двинулся.
Правильно с НЕ.