Слово "непонятно", употребленное в роли сказуемого, может писаться и слитно, и раздельно с частицей НЕ. Раздельное написание уместно при интонационно-логическом подчеркивании отрицания.
Правильно: пока не подавал в отставку.
Слово совсем может употребляться в двух значениях — подчеркивать утверждение и подчеркивать отрицание. Если совсем употребляется в значении 'совершенно, очень', то правильно слитное написание: совсем непонятно (= совершенно непонятно). Если же совсем употребляется в значении 'отнюдь, никоим образом', правильно раздельное написание: совсем не понятно (= отнюдь не понятно).
Окончательное решение принимает автор текста. Написание зависит от контекста и от желания автора подчеркнуть утверждение или отрицание.
Запятая нужна. Но союз до тех пор пока требует отрицания. Поэтому верно: До тех пор, пока мелодия не стихла, ни один из нас не двинулся и Пока звучала мелодия, ни один из нас не двинулся.
Правильно с НЕ.
