В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.

В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.

По-видимому, имеется в виду Лепорелло. Это слуга Дон Жуана, ставший образом угодливого слуги, персонаж нескольких произведений, героем которых является Дон Жуан: оперы Моцарта «Дон Жуан, или Наказанный развратник» на либретто Л. да Понте, «маленькой трагедии» А. С. Пушкина «Каменный гость», драматической поэмы А. К. Толстого «Дон Жуан», одноактной пьесы в стихах Н. С. Гумилева «Дон Жуан в Египте» и др. У Мольера есть комедия «Дон Жуан, или Каменный гость», но в ней в образе слуги Дон Жуана представлен Сганарель – центральный персонаж многих комедий Мольера.

Это выражение не соответствует литературной норме. Наказать означает 'подвергнуть наказанию', а наказание – 'мера воздействия, применяемая к кому-либо за какую-либо вину, проступок, преступление'. Наказать можно провинившегося, но саму вину наказать нельзя.