В данном случае парными тире выделяется вставная конструкция на пять частей, а после нее нужна запятая, потому что далее следует придаточная часть сложноподчиненного предложения: Они делятся настолько мелко — на пять частей, — что их становится трудно контролировать. Вместо парных тире можно использовать скобки: Они делятся настолько мелко (на пять частей), что их становится трудно контролировать.

Вы расставили знаки препинания верно, хотя лучше было бы изменить порядок слов: В ходе вебинара девелоперы обсудили, как эффективно контролировать поставки и управлять логистикой. 

В этом предложении знаки препинания не требуются. Запятая между подлежащим желание и сказуемым рождается не ставится.