Правильно: приказом (каким?) вступившим в силу.
Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами. Поэтому: со зверем, но с зайцем.
Также предлог со употребляется перед формами с начальными сочетаниями [л, ль, р, м] + согласная: со лба, со мной, со льдом, со ртом; также перед сочетаниями [в] + согласная: со вторника, со всеми, со второго.
Корректно: со вступившим.
Верно раздельное написание.
Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...
Возможны варианты.
Верные варианты: 249 моих жизненных сил, мои 249 жизненных сил.
Верно: необъяснимых (чем?) логикой.
В данном случае нет оснований для использования прописных букв.
Правильно: о признании приказа утратившим силу.