Все названия должностей здесь пишутся с маленькой буквы. Поскольку это начало абзаца, с большой буквы следует писать только первое слово: Главный инженер — первый заместитель генерального директора.
Правильно: он окончил институт по специальности «инженер».
Корректно: Работник принимается в структурное подразделение "служба главного инженера" на должность инженера.
Предложения в скобках следует писать с большой буквы.
Слово подворье следует писать со строчной. Вы написали верно.
Корректно: российское Черноморье. Слово Черноморье пишется с прописной по правилу: с прописной буквы пишутся однословные производные (суффиксальные и приставочно-суффиксальные), преимущественно неофициальные, названия территорий, областей, местностей. Прилагательное российское не является частью наименования, поэтому пишется со строчной.
