В сложносочиненном предложении с одиночными союзами и, да (в значении «и»), или, либо запятая не ставится, если части сложносочиненного предложения имеют общий второстепенный член или общую придаточную часть. В интересующем Вас предложении имеется общее для обеих частей обстоятельство времени с раннего утра.

Совершенно согласны с Вами.

1. Определения, характеризующие предмет с разных сторон, однородны, если в условиях контекста объединяются каким-либо общим признаком, например сходством производимого ими впечатления.

2. Оборот с союзом то есть выделяется запятыми с двух сторон. Ироничность самопоправки можно выразить с помощью других знаков, например: Он сам ненамеренно — то есть намеренно — сделал всё, чтобы она думала о нём именно так!

Корректно: С раннего утра шёл дождь и дул холодный, пронизывающий насквозь ветер.

Глагол всматриваться требует формы управления с предлогом в. Сомнительно, что в деревеньку можно всматриваться (см. примеры употребления этого глагола в словарях). Кроме того, в приведенном контексте лучше употребить наречие внизу, а не снизу, а расположившуюся заменить на расположенную: Я стоял на холме, глядя на расположенную внизу деревеньку.

На наш взгляд, сочетание супружеский поцелуй вполне корректно: оно стоит в одном ряду с такими выражениями, как братский поцелуй, отеческий поцелуй и т. п. Однако следует иметь в виду, что такое сочетание обычно используется в значении 'лишенный страсти, равнодушный поцелуй'. См., например: Он вошел нежданно в гостиную, обнял жену так же весело и равнодушно, как пожал руку деда ее, раскланялся со мною и с доктором: то был самый холодный, супружеский поцелуй... [Е. А. Ган. Суд света (1840)]; Они целуются казенным супружеским поцелуем [А. М. Коллонтай. Большая любовь (1927)].

Составной союз вместо того чтобы в этом случае не требует разделения запятой.

Приведенные предложения относятся к одному и тому же типу: это сложносочиненные предложения с союзом и. Соответственно, запятая нужна в том и в другом — по формальному принципу. Впрочем, предложение, в обоих частях которого описываются погодные явления, выглядит неестественно без общего для этих частей обстоятельства, отменяющего постановку запятой, сравним: К вечеру пошёл (сильный) дождь и поднялся (холодный) ветер. 

Поскольку сочетание аж до костей пробирает связано со сказуемым холодный отношениями следствия, в предложении нужно поставить тире: Воздух свежий, словно его только что постирали, и холодный — аж до костей пробирает. 

Корректно: Вскоре всё необходимое было приготовлено(,) и работа закипела (запятая факультативна и зависит от того, как пишущий представляет себе ситуацию: и необходимое было приготовлено, и работа закипела вскоре (тогда запятая не нужна) или необходимое было приготовлено вскоре, а работа закипела после этого (тогда запятая нужна); Выполнить задачу было непросто по причине отсутствия опыта, вдобавок дул холодный ветер и шёл дождь.