Вербилковский соответствует традиции (есть, например, вербилковский фарфор). Прилагательное вербилкинский неупотребительно, в топонимике это, как нам кажется, некоторая новация (поиск на "Яндексе" это подтверждает).
Различие в значении см. в Словаре трудностей.