В данном предложении запятая перед первым союзом и не требуется. Однако оно требует некоторой корректировки: Обращаю Ваше внимание на то, что вышеуказанные пункты отсутствуют в проекте либо выполнены не в полном объеме и что при их предоставлении и последующем рассмотрении могут быть выявлены новые замечания.
Возможны оба варианта (только в первом случае не пишется слитно), чаще используется: в неполном объеме.
Указанная запятая нужна.
Корректно: не в полном объеме.
Знаки препинания расставлены верно, деепричастный оборот в данном случае не обособляется.
1. Допустимо, но между фамилией и инициалом имени пробел обязателен.
2. Да.
3. Как канцеляризм - возможно.
4. Нужно.
1. Обособление не требуется. Правильно: по независящим от Исполнителя причинам (здесь требуется слитное написание).
2. Обороты с предлогом исходя из обычно выделяются запятыми. Запятые не требуются, если оборот с предлогом исходя из тесно связан по смыслу с относящимися к нему предшествующими словами. Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.