Запятая здесь не нужна.

Верно: Будучи в 1955–1963 годах старшим инспектором, он непосредственно занимался многими организационными вопросами, связанными с созданием музея.

Грамматически в этих примерах два слова: определяемое слово (Волга, царь) со следующим непосредственно за ним однословным приложением (матушка, батюшка). Лексически подобные сочетания имеют тенденцию превращаться в устойчивые выражения (фразеологизироваться), поэтому могут восприниматься носителями языка как одна языковая единица.

Это примеры сочетаний с неоднословными приложениями, в них ставится тире вместо дефиса по правилам координации (см. параграф 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): страны — участницы Содружества Независимых Государств, встреча — презентация книги. Зависимость одного слова от другого устанавливается по вопросу: участницы (чего?) Содружества, презентация (чего?) книги. Сравним примеры с однословными приложениями: С момента образования БРИКС страны-участницы стали гораздо более заметными игроками на мировой арене; Вчера в культурном центре состоялась встреча-презентация «Традиции вне времени» (в данном случае сочетание встреча-презентация обозначает тип мероприятия, непосредственно от слова презентация не зависят какие-либо слова).

Если указание на автора или на источник цитаты следует непосредственно за ней, то оно заключается в скобки, причем точка после цитаты опускается и ставится после закрывающей скобки: «В каждый момент мы делаем выбор: строить мост или возводить стену» (Маршалл Розенберг).

Разряды прилагательных определяются по способу обозначения признака предмета и грамматическим свойствам.

Качественные прилагательные обозначают признак предмета непосредственно (большой, красный, смелый), в то время как относительные прилагательные называют признак посредством отсылки к какому-либо другому явлению или понятию (деревянный — ‘сделанный из дерева’, вчерашний — ‘тот, что был вчера’, немецкий — ‘имеющий отношение к немцам’ и т. п.). Качественные и относительные прилагательные изменяются по одному типу склонения, например: больш-ой, больш-ого и т.д.; деревянн-ый, деревянн-ого и т. д.

Качественные прилагательные отличаются от относительных целым рядом грамматических, словообразовательных и лексических свойств. Например, качественные прилагательные имеют краткую форму и категорию степеней сравнения, относительные прилагательные такими свойствами не обладают.

Различие относительных и притяжательных прилагательных проявляется в морфемной структуре и типе склонения. К притяжательным относят прилагательные, выражающие принадлежность чего-либо человеку или животному, образуемые с помощью суффиксов -ов- (-ев-), -ин-, -ий- ([-j-]) и характеризующиеся особым типом склонения; например: отц-ов-ы сапоги, Саш-ин-о письмо, медвеж-[j-а] берлога.

Ср. морфемный состав и склонение притяжательного прилагательного отц-ов-ы (суффикс -ов-, окончание -ы) и относительного прилагательного отц-ов-ск-ие (суффикс -ск-, окончание -ые) .

Прилагательные рус-ск-ий, ткац-к-ий, матрос-ск-ий, немец-к-ий являются относительными.

Когда сноска относится к словосочетанию, а не ко всему предложению, логично будет поставить знак сноски непосредственно после словосочетания, к которому она относится, то есть перед многоточием: Увидел человеческую голову с длинной косой¹… 

Разряд прилагательного определяется по способу обозначения признака предмета и грамматическим свойствам.

Прилагательные голый, босой (босый) и слепой являются качественными прилагательными, потому что называют признак непосредственно; иначе говоря, характер обозначаемого ими свойства заложен в самом значении прилагательного. Основа этих прилагательных обозначает признак не через отношение к предмету, так как этот признак непосредственно воспринимается органами чувств.

Эти прилагательные обладают многими грамматическими признаками качественных прилагательных:

1. Прилагательные голый, босой и слепой имеют не только полную, но и краткую форму: голый – гол, босой – бос, слепой – слеп.

2. Эти прилагательные непроизводны, а непроизводными могут быть только качественные прилагательные.

3. От них образуются адъективные словообразовательные дериваты, выражающие различные «степени качества»: голенький, босенький, слепенький.

Ряд грамматических признаков качественных прилагательных у слов голый, босой и слепой отсутствует: нет степеней сравнения, нет производных качественных наречий, нет сочетаемости с наречиями степени. Однако и ряд других качественных прилагательных обладает только частью грамматических признаков, свойственных качественным прилагательным. Это связано прежде всего с тем, что данные признаки отражают различные аспекты семантики качественности. Так, способность изменения по степеням сравнения и сочетаемость с наречиями степени обусловлена наличием или отсутствием у обозначаемого признака шкалы градаций (ср. отсутствие этих свойств у прилагательных голый, босой и слепой, обозначающих признаки, которые не могут проявляться в разной степени).

В состав именного сказуемого может входить не местоимение, а омонимичная ему частица. Вот пример предложения с таким сказуемым, включающим частицу: Составное именное сказуемое с формальной связкой — это один из двух базовых типов сказуемого в русском языке. Частица ни на что не указывает (в отличие от местоимения), находится непосредственно перед сказуемым, при этом предложение, как правило, выдержано в плане настоящего времени, формальная связка нулевая. Частица находится как раз на месте связки. Недаром Л. В. Щерба считал эту частицу именно связкой (наряду с есть).

Относительно того, входит ли эта частица в состав сказуемого, можно дискутировать. Мнение, согласно которому она в сказуемое входит, опирается на контактную препозицию частицы при сказуемом; и не просто контактную, но и фиксированную: передвинуть ее дальше вправо нельзя. Однако, с другой стороны, никаких оттенков смысла она в сказуемое не вносит (в отличие от других частиц — например, было в Митя бросился было к дверям), с выражением грамматических значений никак не связана, может быть безболезненно удалена — следовательно, обязательным элементом не является.

О существовании "специального фонетического шрифта" нам увы, ничего не известно. (Даже если он существует, то не должен называться "фонетическим".)

Можно воспользоваться следующими кустарными приемами (при работе в MS Word): 

1. Цифры должны располагаться на строке над размечаемым текстом. С помощью пробельной клавиши сдвигаем цифру до нужного места, затем выделяем верхнюю строчку (с цифрами) и назначаем кегль помельче. Далее выделяем обе строки и через меню «Абзац» устанавливаем минимальный межстрочный интервал — так, чтобы цифра была как можно ближе к букве, над которой она должна располагаться, но чтобы верхняя часть букв нижней строки не была срезана. Выбираем подходящий вариант методом проб и ошибок. Учитываем, что при уменьшении кегля цифры сместятся влево, корректируем это смещение.

2. Используем меню «Вставка» — «Надпись». В квадратике вставляемой надписи набираем нужную цифру, затем перемещаем надпись туда, куда нужно. Это удобно в том отношении, что надпись действительно можно переместить куда угодно. Не забываем отформатировать надпись так, чтобы ее границы были скрыты.

В обоих случаях при окончательной редакции файла нужно обязательно следить за тем, чтобы ничто никуда не «съехало». Особенно перед печатью. Кстати, перед печатью и/или пересылкой удобно сохранить вордовский файл в формате *pdf, тогда точно ничто не съедет.