Строго говоря, корректен только вариант пищеблок на базе государственного бюджетного образовательного учреждения „Средняя общеобразовательная школа №…“. При отсутствии такого выделения кавычками логично склонять обе части наименования: пищеблок на базе государственного бюджетного образовательного учреждения средней общеобразовательной школы №…; пищеблок на базе ГБОУ школы №…
Сложные прилагательные с первой частью черн-, образованные на базе словосочетаний с подчинительными отношениями компонентов, обычно не содержат звука [о] (на письме — ё) в первой части: чёрная борода > чернобородый, Чёрное море > черноморский (ср. чёрно-белый, где отношения между компонентами сочинительные).
Основа прилагательных монарший и патриарший (сюда же относятся отчий и устар. орлий) оканчивается на сочетание согласных, что, скорее всего, и является причиной их склонения по адъективному типу. В прошлом круг подобных прилагательных был шире. По адъективному типу могли склоняться прилагательные с основой на одиночный шипящий: княжий, разбойничий, казачий и др. Тенденция к унификации склонения прилагательных на -ий, мотивированных названиями лиц, на базе смешанного (местоименного) типа характерна и для современного языка: в средствах массовой информации встречаются сочетания монаршья особа, выполнить монаршью волю и т. п.
Интеллектуальные агенты в грамматическом отношении подобны слову порталы: создавать интеллектуальные агенты и порталы. Склонение неодушевленных существительных мужского рода можно проверить с помощью слов с ударными окончаниями, например стол, лист (бумажный), куст.
Возможны оба варианта — с обособлением и без. Подробнее см. ответ на вопрос № 313007.
Поясняющее сочетание в скобках вполне может стоять в форме именительного падежа. Другое дело, что в приведенной формулировке не хватает информации для непосвященного читателя — не ясно, почему некое поле имеет название и при чем здесь Всесоюзный институт масличных культур. Очевидно, в тексте желательно упомянуть, что поле было опытно-селекционным, затем оно было преобразовано в опытную станцию по масличным культурам, а в 1932 году на базе этой станции был организован Всесоюзный научно-исследовательский институт масличных культур.
Полагаем, сочетание для разных моделей смартфонов на базе Android зависит от слова инструкция, входящего в главную часть. Сравним отредактированный вариант, в котором сочетание, указывающее на смартфоны, зависит от слова сделать в придаточной части: Тут есть инструкция, как это сделать в смартфонах на базе Android разных моделей: [ссылка].
При собственно морфемном анализе в слове чересчур выделяют приставку черес- и корень -чур, см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой.
Если ограничиться синхроническим словообразовательным анализом, то основу чересчур принято рассматривать как нечленимую, см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. По мнению автора словаря, утрата семантических связей с морфемами, на основе которых образовалось слово, означает, что оно превратилось в непроизводное. В соответствии с концепцией словаря, непроизводность подразумевает нечленимость, хотя такой подход в языкознании является предметом дискуссий.
Этимологически слово чересчур образовано на базе предложно-падежного сочетания черес чур (чур в зн. ‘черта, край’). Ср. использование корня -чур- в чураться, тоже образованного от существительного чур (‘черта, край’). Чураться буквально — ‘ограждать себя словом чур от нечистой силы’ (см. «Этимологический словарь русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой). В современном языке сохранилось междометие чур, означающее требование соблюсти какой-либо уговор.
В русском языке аббревиатуры и несклоняемые существительные иноязычного происхождения (не обозначающие живых существ, то есть неодушевленные, ср. слова на -и: сулугуни, салями, кольраби, цукини) обычно приобретают те родовые признаки, какими обладают опорные слова. В случае с аббревиатурами эта закономерность проявляет себя наиболее последовательно. Нагляден пример аббревиатур, образованных на базе сочетаний со словом институт (НИИ, МАИ, ИАИ и т. д.), центр (НЦБИ — научный центр биологической информации): они употребляются как существительные мужского рода. Иноязычные аббревиатуры не исключение: Би-би-си — существительное женского рода (по слову корпорация); у существительного среднего рода ЦРУ есть опора в виде существительного управление; существительное мужского рода сиди (от СD) наследует грамматические признаки слова диск. В печатных изданиях можно встретить обороты типа базовый / функциональный / мощный / удобный API. Они свидетельствуют о том, что иноязычная аббревиатура API (с опорой в виде слова интерфейс; от англ. Application programming interface) согласуется с прилагательными по образцу существительного мужского рода. Вместе с тем констатируем: в текстах запечатлены и сочетания, в которых аббревиатура API предстает как существительное среднего рода; ср. мощное и удобное API.
В «Большом энциклопедическом словаре: ветеринария» под ред В. П. Шишкова зафиксированы многочисленные зоонозы (названия инфекционных и паразитарных заболеваний животных), построенные на базе сочетаний главного существительного, называющего заболевание, и подчиненного существительного, являющегося наименованием животного-носителя этого заболевания: чума птиц (так раньше называли грипп птиц), грипп животных, диарея крупного рогатого скота, рожа свиней, макракантортхоз свиней, филиколлёз уток, эхиноринхоз рыб, спирохетоз птиц, акарапидоз пчел, энцефалит лисиц, колибактериоз телят и т. п.
Ветеринарных терминов, построенных по модели «прилагательное + существительное» (птичий грипп и т. п.), в словаре В. П. Шишкова не обнаружено.
Поэтому в текстах научного стиля, связанных с медициной и ветеринарией, уместными будут наименования типа грипп птиц. Сочетания типа птичий грипп относятся к общеупотребительным, но в будущем могут пополнить специальную терминологию.