Написание микрофильный и макрофильный зафиксировано нормативными словарями, поэтому эти слова пишутся с одной л.

Слова с первой частью микро... пишутся слитно: микромаркет.

Разбор слова по составу (морфемный разбор): из-вест-н-ый (см. наиболее авторитетный морфемный словарь «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

В лингвистике используются морфемный (разбор по составу, то есть выявление минимальных значимых частей слова — морфем) и словообразовательный (выявление производных и производящих основ) типы анализа. Они по-разному описывают структуру слова, но этот факт, к сожалению, иногда не учитывается в учебной практике.

При установлении семантических связей между словами в современном языке основа известн- рассматривается как непроизводная — такой подход отражен в словообразовательных словарях. Однако словообразовательная непроизводность не означает нечленимость: в составе непроизводной основы могут выделяться морфемы, так как при разборе слов по составу учитывается не только словообразовательная, но и формообразовательная структура, а также членение по аналогии и исторические связи слов, осознаваемые носителями языка.

Компоненты кило- (километр, килограмм), деци- (дециметр, децилитр), санти- (сантиметр, сантиграмм), милли- (миллиметр, миллиграмм), микро- (микровольт, микрорентген), мега- (мегатонна, мегагерц) представляют собой корни (См. «Русская грамматика», т. 1, 1980, § 550–555). Практически все корни, используемые в номенклатуре мер и обозначающие увеличение и уменьшение в определенное число раз, являются связанными (то есть не употребляются самостоятельно), что у некоторых исследователей вызывает сомнения в их полноценном корневом статусе. Обычно эти исследователи используют в таких случаях термины радиксоиды или префиксоиды (морфемы промежуточного типа, переходные между корнем и приставкой). Однако в учебной практике эти дискуссионные термины не используются. К обычным приставкам эти компоненты отнесены быть не могут.

Компонент кило- со временем, скорее всего, полностью потеряет статус связанного корня и перейдет в свободные, так как в современных толковых словарях уже фиксируется самостоятельное слово кило, но пока с пометой ‘разговорное’. Таким образом, корневой статус компонента кило- не вызывает сомнений.

Лучше всего перестроить предложение так, чтобы это слово не было первым. Если это затруднительно, можно написать главное слово сочетания с прописной буквы: α-Глобулины участвуют в транспорте гормонов, микроэлементов, витаминов, липидов. Такое решение проблемы предлагает, например, «Справочная книга корректора» К. И. Былинского и А. Н. Жилина.

Верно: Одна из основных проблем, возникающих при изготовлении...

Корректно: Инструкция общества с ограниченной ответственностью микрокредитной компании «Ромашка».

Кавычки при выражении открытый микрофон излишни. Слово фиш-энд-чипс пока что не зафиксировано нормативными словарями, так что возможны варианты его написания, однако вариант с двумя дефисами кажется наиболее адекватным.

Корректно: микробэг (микро… — первая часть сложных слов, пишется слитно); лип-комбо.

Корректно через тире: электрохимические покрытия никель — бор — углерод; микроструктура электрохимических покрытий системы никель — бор; сплав никель — бор; композиционный материал никель — углерод; микроструктура КЭП Ni — B — углерод; система диметилформамид — хлорид никеля — морфолинборан; покрытие никель — алюминий — углерод.

См. § 20 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В таком случае корректно раздельное написание: микро «Девятый вал».