Проблема состоит в том, что разные ученые (в том числе и составители словарей) по-разному оценивают степень устойчивости тех или иных сочетаний, поэтому могут либо причислять, либо не причислять их к фразеологизмам. Например, в двухтомном "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова, который понимает фразеологию максимально широко, зафиксированы фразеологизмы иметь за душой (за душой ничего — это, в сущности, его вариант), душа в пятки ушла, радостно на душе. Сочетание с дорогой душой в этом длинном списке не числится, однако в нем есть со всей душой, с открытой душой, с чистой душой, так что отсутствие фразеологизма с дорогой душой можно счесть досадным упущением. Поэтому приходится констатировать, что задание некорректно, так как все приведенные в нем сочетания со словом душа можно считать фразеологически связанными.
Так можно писать и говорить. Сочетание чистая душа зафиксировано в словарях русского языка, оборот с чистой душой употребляли М. А. Булгаков, Ф. В. Гладков, Л. М. Леонов, В. Г. Распутин, Б. Л. Васильев и другие писатели. Например: Тяжелая, недобрая ночь ― в такую ночь маются и с чистой душой, а у нее, у Настены, истерзанная, беспутная душа надорвалась и только ноет, ноет, жалуясь и плача без капли надежды. В. Распутин, Живи и помни. Они за работу-то с молитвой принимались, с чистой душой. Ф. Гладков, Повесть о детстве.
Оба выражения вполне корректны.
Запятая не нужна, так как да используется здесь в значении соединительного союза и.
Запятую ставить не нужно.
Это вариантные окончания. Более употребительно окончание -ОЙ: тобой, душой.
В каждом их этих случаев выражение не представлено как цитата, принадлежащая какому-то конкретному лицу, а значит, кавычки не нужны.
Этот выражение может выступать как фразеологизованный (цельный) оборот.
Исторически верное написание — душею (звук [ш] был мягкий, после ш произносилось е). В современном церковнославянском тексте Библии используется историческое написание душею. В синодальном переводе Библии на русский язык (закончен и издан в 1870-х гг.), который утвержден Русской православной церковью для домашнего чтения, также пишется душею (что, видимо, предполагает архаическое произношение с е), хотя в светской орфографии 1870-х гг. в окончаниях существительных после шипящих под ударением уже решительно преобладало написание о (см. Грот Я. К. Русское правописание. СПб., 1885. С. 39). Написание душою, душой характерно для более поздних переводов Библии на современный русский язык, использующих современную орфографию и отражающих современное произношение.
Правильно: с душою, рваной в клочья.