Запятая не нужна. Обратите внимание: академический «Русский орфографический словарь» фиксирует написание Баба-яга.

См. в словарях.

Следует ориентироваться на рекомендацию орфографического словаря: Баба-яга.

Это сочетание именно с таким порядком слов не кодифицировано в нормативных источниках. Для ответа на вопрос о прописной/строчной важно знать, в каком значении и контексте используется данное сочетание (это имя сказочного персонажа или просто обозначение уродливой злой старухи) и, если это имя персонажа, с какой целью разрушается традиционный порядок слов в нем.

В словаре В. И. Даля зафиксировано: «ЯГА или яга-баба, баба-яга, ягая и ягавая или ягишна и ягинична, род ведьмы, злой дух, под личиною безобразной старухи». В данном контексте яга-баба пишется строчными как имя нарицательное. Но словарь Даля не является нормативным справочником по современному русскому языку.

Ваше мнение о написании слова вполне обоснованно. Однако авторы "Русского орфографического словаря" объясняют вариант с одной л орфографическим прецедентом — наличием слова онколь, это финансовый термин, который восходит к англ. on call и который давным-давно есть в наших словарях. То есть у нас есть прецедент, когда англ. call передается с одной л, и это написание давнее и устойчивое. Вот это и послужило основанием для фиксации кол-центр.

Орфографический словарь устанавливает написание этого именования так: Ба́ба-яга́, Ба́бы-яги́ (сказочный персонаж) и ба́ба-яга́, ба́бы-яги́ (безобразная злая старуха).