Оба предлога — и с целью, и для — выражают значение цели, поэтому обороты с ними однородны, их уместно соединить союзной связью: Исследование проведено с целью... и  для… .

Обстоятельственные обороты с производными (непервообразными) предлогами, к которым относится и с целью, могут обособляться или не обособляться в зависимости от некоторых условий — см. «Справочник по пунктуации». В предложении нет условий обособления обстоятельственного оборота. В принципе он мог бы быть отделен запятой от остального предложения, но тогда он носил бы характер попутного замечания, что в данном случае неуместно: информация о том, зачем руководитель организации должен лично обратиться в обслуживающий офис банка, важна для ситуации, описываемой в документе. 

Для запятых в этом предложении нет оснований.

Подобные случаи в справочниках по русской пунктуации не представлены. Можно рекомендовать применить здесь правило о тире между подлежащим и сказуемым-существительным: если перед сказуемым стоит отрицание не, то тире не ставится (пункт 3 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Впрочем, в таких случаях допускается постановка тире с целью «логически и интонационно подчеркнуть сказуемое» (примечание 3 к параграфу 5.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Корректно: В связи с проведением мероприятий в целях транспортного обслуживания прошу Вас сформировать заявку на автомобильный транспорт.

Предлог в целях не является устаревшим. Оба варианта широко используются, но предлог в целях чаще употребляется в официальных текстах и практически никогда в разговорной речи.

Корректное написание: Организация мероприятий по приему-передаче дел. С целью передачи дел в полном объеме.

Можно верить рекомендациям справочника Д. Э. Розенталя (нормативны конструкции: с целью осуществить – в целях осуществления). Но при этом нет прямого запрета на использование варианта "с целью осуществления".

Такая конструкция в меньшей степени соответствует речевой практике, хотя и в ней тоже встречается, например: Подкуп свидетеля, потерпевшего в целях дачи ими ложных показаний либо эксперта, специалиста в целях дачи ими ложного заключения или ложных показаний, а равно переводчика с целью осуществления им неправильного перевода [Уголовный кодекс Российской Федерации].

Обособление не требуется.

В этом предложении запятые не нужны: Мы приняли во внимание комментарии и замечания из заполненных вами контрольных анкет и произвели необходимые изменения в наших семинарах с целью повышения их эффективности.