Здесь верно написание строчными. С прописной буквы пишется первое слово в официальном названии, напр.: Пенсионный фонд Российской Федерации, Негосударственный пенсионный фонд «Газфонд».
Согласно Конституции Российской Федерации у нашей страны есть два равнозначных наименования – Российская Федерация и Россия, поэтому название Пенсионный фонд России возможно.
Корректно со строчной буквы.
Если название указывается с родовым словом (акционерное общество "Национальный негосударственный пенсионный фонд"), то ориентироваться следует на родовое слово общество, например: акционерное общество "Национальный негосударственный пенсионный фонд" заработало за 2015 год...