На деле же они испаряются в момент кризиса, не появляясь, пока он не пройдёт.
Согласно правочнику В. В. Лопатина, в начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы.
По справочнику Д. Э. Розенталя, после союза но запятая ставится при наличии паузы между союзами и не ставится, если паузы нет.
Таким образом, можно найти аргументы и в пользу запятой, и против нее.