При отсутствии союза и перед первым из перечисляющихся членов предложения соблюдается правило: если однородных членов предложения больше двух и союз и повторяется хотя бы дважды, запятая ставится между всеми однородными членами (в том числе и перед первым и): Она зашла в кабинет, и увидела мальчика, и повела его в столовую.

Знаки препинания расставлены верно. Запятая, поставленная в скобках, не нужна.

В этом предложении нет присоединительного оборота и сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Действительно, если поставить двоеточие после сочетания бумагу с приказом, получится, будто следующая реплика — это слова директора, поэтому здесь нужна точка. Заметим также, что первая часть реплики воспринимается как принадлежащая Юре, поскольку с этого имени начинаются авторские слова. Сообщение о том, что Юра кричит, нужно перенести в другое место текста, чтобы прямая речь однозначно воспринималась как принадлежащая Насте: «Так экзамен будет завтра? — Настя спокойно кивает в сторону директора — тот как раз несёт бумагу с приказом. — Ты в школе-то был?..» Сочетание бегал, вопил, всем жаловался оформляется как ряд однородных сказуемых, обозначающих три раздельных действия.

У союза чтобы два значения — целевое и изъяснительное. Во втором значении он может употребляться с соотносительным словом тот (то) в главной части, что мы наблюдаем в приведенном примере: Цель проекта заключается в том, чтобы дать возможность...

Выражение встретимся через неделю однозначно и сообщает то же, что и оборот встретимся через семь дней. Здесь предлог через (в сочетании с глаголом совершенного вида) указывает на срок, промежуток времени, по истечении которого произойдет встреча.

Всё не так однозначно в случае с лаконичным высказыванием занятия стоят через неделю. Оно может быть истолковано двояко: как сообщение о том, что занятия состоятся по истечении семи дней, и как сообщение о том, с какой периодичностью занятия будут проходить в некий отрезок времени (при этом даже не ясно, каков интервал — семь или четырнадцать дней). Возможность использования предлога через как указания на периодичность, регулярность событий (в сочетаниях с глаголом несовершенного вида) отмечают толковые словари русского языка, к которым мы и рекомендуем обратиться за уточнениями и иллюстрациями.

Предложение построено некорректно: присоединительный союз в том числе употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения чего-либо, на что распространяется сказанное в предыдущей части. Он синонимичен слову включая, и замена на синоним проявляет некорректность фразы: *Для меня арка, включая, — символ архитектуры вообще. Лучше использовать те выражения, которыми Вы объясняли задуманный смысл: Для меня арка, кроме прочего, — символ архитектуры вообще.

Запятая разделяет главную и придаточную части предложения. Главная: Нет ничего плохого в том и в том. Придаточные: чтобы быть мудрым и чтобы быть важным. Первая придаточная часть расположена внутри главного предложения и должна быть отделена от него запятыми.

Запятая нужна, она разделяет части сложного предложения: Нет ничего плохого в том, чтобы быть мудрым, и в том, чтобы быть важным.

Согласимся с Вами. Чтобы подчеркнуть, что перечислительный ряд не завершен, лучше использовать перед последним элементом запятую, а не союз и, создающий закрытый сочинительный ряд.