Да, вынуть – единственное в русском языке слово без корня. Когда-то в этом слове корень был, но утратился вследствие исторических преобразований. Слово появилось по аналогии с глаголами на -нуть (типа двинуть) на базе вынять, производного от яти  'брать' (от него же образован и глагол взять).

Вот что написано о прилагательных с суфиксом -ск- в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

«В большинстве прилагательных с суффиксом -ск- согласный л перед суффиксом мягкий, поэтому после л пишется ь, например: сельский, уральский, барнаульский. Однако в некоторых прилагательных, образованных от нерусских собственных географических названий, сохраняется твердый л, поэтому ь не пишется, например: кызылский, ямалский (наряду с вариантами кызыльский, ямальский)».

«В большинстве прилагательных с суффиксом -ск- согласные н и р перед суффиксом – твердые, поэтому ь в них не пишется: конский, казанский, тюменский, рыцарский, январский, егерский. Однако в следующих прилагательных эти согласные перед суффиксом -ск- мягкие, в них после н и р пишется ь: день-деньской, июньский, сентябрьский, октябрьский, ноябрьский, декабрьский, а также во многих прилагательных, образованных от нерусских собственных географических названий на -нь, например: тянь-шаньский, тайваньский, пномпеньский, торуньский, сычуаньский, тяньцзиньский».

Что касается слов пермский и кемский, то мягкий знак в них не пишется по простой причине: согласный м произносится перед суффиксом -ск- твердо.

Не было отца.

Это был подарок.

Начнем с основы слова философия. Правильнее всего сказать, что основа философиj, ведь буква я обозначает два звука: [ja], из них только второй является окончанием, а первый принадлежит основе. Но упрощенно можно сказать, что основа в этом слове философи- , а окончание – -я.

Что касается корня, то здесь возможны варианты. Можно выделить два корня, как это сделано в словаре Тихонова: мы хорошо знаем о существовании греческих слов phileo 'люблю' и sophia 'мудрость'. Те же греческие корни в словах филология, филофония; теософия, антропософия. Но можно найти аргументы и в пользу выделения корня философ-: в русском языке это слово не было собрано из двух греческих корней, мы получили его в таком виде из немецкого языка, т. е. в русском языке это слово непроизводно.

Верно без мягкого знака: патриаршего, патриаршему. Теперь разберемся, почему так.

Прилагательное патриарший в начальной форме выглядит как притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос "чей?" и оканчивающееся на -ий (-jeго), ср.: лисий - лисьего, пастуший - пастушьего, черепаший - черепашьего, птичий - птичьего, человечий - человечьего, монаший - монашьего, помещичий - помещичьего, скомороший - скоморошьего и т. д. Такие слова склоняются по особому (местоименному) склонению, в них пишется разделительный мягкий знак. 

Однако слова монарший и патриарший склоняются не по местоименному, а по адъективному склонению, то есть как прилагательные хороший (хорошего), святейший (святейшего), усопший (усопшего), больший (большего), августейший (августейшего) и т. п. В таких словах разделительный мягкий знак не пишется.

По этой причине правильно: патриаршее (не патриаршье) благословение, патриаршая (не патриаршья) ризница, Патриаршие (не Патриаршьи) пруды. И, соответственно: монаршее, монаршая, монаршие.

"Русская грамматика" (под ред. Н. Ю. Шведовой, М., 1980) указывает: "Притяжательные прилагательные орлий (устар.), отчий, монарший и патриарший, основа которых оканчивается на группу согласных (-ий – флексия им. п. ед. ч. муж. р.), изменяются по мягкой разновидности адъективного склонения. Образование от притяжат. прил. монарший, патриарший падежных форм по типу притяжат. прил. соболий, пастуший, волчий для современного языка ненормативно". При этом "у писателей XIX в. встречается образование форм косвенных падежей притяжательных прилагательных женского рода с шипящей согласной перед |j| (казачья, разбойничья) по образцу изменения местоимен. прил. наш, ваш (см. ниже) без |j| в конце основы: Ты не издохнешь от удара Казачей сабли (Пушк.); Не для разбойничей потехи Так рано съехались адехи На двор Гасуба старика (Пушк.); Парень был Ванюха ражий, Рослый человек, – Не поддайся силе вражей, Жил бы долгий век (Некр.) (для современного языка нормативны формы казачьей, разбойничьей, вражьей)".

Итак, различается написание слов: монашьего - патриаршего; монашье - патриаршее; монашья - патриаршая; монашьи - патриаршие.

См.:

• А. А. Зализняк. Грамматический словарь русского языка. 5-е изд., М., 2008.
• Русская грамматика / Под ред. Н. Ю. Шведовой. М., 1980.

Окончанием является последняя буква. Точнее, последняя буква в этих словах обозначает два звука, один из которых относится к основе, второй – к окончанию: милици[ja] – милици[jy]. Основа этого слова милициj, окончание -а. На письме выделяется окончание -я. То же самое в слове путешествие.

А о чем же тогда идет речь?

КОРПУС, -а; м. [от лат. corpus - тело]
1. мн.: корпусы, -ов.
Туловище человека или животного. Наклониться, повернуться всем корпусом. Обогнать в скачках на целый к.
2. мн.: корпуса, -ов и корпусы, -ов.
Основа, остов или оболочка механизмов, приборов, аппаратов и т.п. К. скрипки. К. самолёта. Часы в золотом корпусе.
3. мн.: корпусы, -ов.
Совокупность множества каких-л. однородных предметов, образующих целое; массив. Основной к. поэтических текстов.
4. мн.: корпуса, -ов.
Остов судна со всей наружной обшивкой. К. миноносца.
5. мн.: корпуса, -ов.
Отдельное здание в ряду однотипных или обособленная часть большого здания. Главный к. Заводские корпуса. Мы живём на улице Парковой, дом 2, корпус 3. Дом был большой, в несколько корпусов.
6. мн.: корпуса, -ов.
Крупное войсковое соединение, состоящее из нескольких дивизий или бригад. Стрелковый к. Гвардейский, танковый к.
7. мн.: корпуса, -ов. В России до 1917 г.:
военно-административное объединение войск специального назначения. К. жандармов. К. военных топографов. К. пограничной охраны.
8. мн. нет.
Совокупность лиц одной специальности, какого-л. одного официального или служебного положения и т.п. Дипломатический к. Офицерский к. Депутатский к.
9. мн.: корпуса, -ов. В России до 1917 г.:
в составе названий средних военно-учебных закрытых заведений. Кадетский к. Пажеский к.
10. мн. нет. Типогр.
Название одного из размеров типографского шрифта. < Корпусной, -ая, -ое (6-7, 9 зн.). К. генерал. Корпусный, -ая, -ое (2-5 зн.). К-ая мебель.

В этом отрывке нет грамматической основы.