Местоимение она в творительном падеже имеет две формы: ею и ей. Однако некоторые словари трудностей считают форму ей всего лишь допустимой, и это вполне понятно: форма ей неоднозначна, она соответствует не только творительному, но и дательному падежу. Поэтому употребление этой формы может стать  причиной неснятой многозначности: «Это было сказано ей очень громко». Сказано ею или сказано ей кем-то? Носителям языка форма ею кажется устаревающей, имеющей отношение к велеречивому и торжественному. Но пока это только одна из языковых тенденций, а норма все же остается прежней: для письменной речи корректна форма ею, в разговорной речи допустима форма ей. 

Да, запятые в таких сочетаниях ставятся всегда, поскольку с союзного слова кто начинается придаточное предложение, а местоимение тот — соотносительное с ним слово: Мужик не тот, кто катался, а тот, кто лысый и причесался!

Орфографический академический ресурс «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН фиксирует: 

на «ты́» (бы́ть с кем-, чем-н.)

на «вы́» (бы́ть с кем-н.); иду́ (идём) на вы́

Разнобой в ответах устранен. Правильно написание в кавычках.

В подобных случаях (определительное местоимение + указательное местоимение) выбрать, что является подлежащим, а что — определением к нему, невозможно: обе трактовки равно вероятны. Формы местоимений могут с равным успехом идентифицироваться и как адъективные (местоимения-прилагательные), и как субстантивные (местоимения-существительные). Поэтому считается, что подлежащим в таких случаях целесообразно признавать сочетание всё это.

Нам представляется, что никакого искажения смысла не произойдет даже в том случае, если читатель отнесет местоимение им к существительному глаза, а не к существительному мухи. 

Ход рассуждения следующий.

Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:

Не все растения прижились.

Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.

То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.

В данном предложении притяжательное местоимение излишне:  "Назначить специалиста по логистике Анну Иванову исполняющим обязанности руководителя отдела без освобождения от основной работы". 

Местоимение свой избыточно в случаях, когда избыточно указание на принадлежность, например: Собака виляла *своим хвостом. Однако в большинстве контекстов оно может играть ритмообразующую роль или быть синонимичным указательным местоимениям и прилагательным с указательным значением, например: в своем произведении автор = в этом (данном) произведении, в рассматриваемом произведении. 

Приложение, поясняющее местоимение мне и имеющее дополнительное значение причины, нуждается в обособлении: Я уверен, что данный опыт позволит мне, как ступающему на путь практической юриспруденции выпускнику, определить дальнейшие точки роста в достижении профессиональных целей.

Определение не привязано ни к составу подлежащего, ни к составу сказуемого. Определение является распространителем существительного — независимо от того, какую роль это существительное играет в предложении. Поэтому и в данном предложении прилагательное является совершенно обыкновенным определением.

Кстати, кладезь — сущ. мужского рода (ведь это колодец, к кладовой это слово не имеет никакого отношения).