В данном случае вглубь - предлог, а не наречие.
Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.
Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.
На наш взгляд, этот вопрос принципиально нерешаем в рамках лингвистической теории в четвертом классе. Можно обратиться к фундаментальной исследовательской литературе, но и там ответ вряд ли будет однозначным. Возможное "детское" объяснение: формы днем и ночью приобрели самостоятельное временнОе значение (отвечают на вопрос когда? - "в определенное время суток"), и по сути стали самостоятельными словами (наречиями).
Это сочетание наречия и прилагательного (причастия). Сочетания слов пишутся раздельно. Но при этом при терминологизации возможно и слитное написание (как единого слова).
Правило распространяется на наречия, образованные из сочетания предлога по и полных прилагательных или притяжательных местоимений (по-хорошему, по-моему, по-всякому). Один – особое слово, которое «совмещает в себе формальные признаки прилагательного с функциями количественного числительного» (определение академической «Русской грамматики»). Надо запомнить, что сочетание по одному в знач. 'поодиночке, следуя друг за другом' пишется раздельно: Кто хотит на Колыму – выходи по одному! Но: сделать сначала по-одному, затем по-другому.
Эти наречия равнозначны, если употребляются в значении 'гораздо, значительно', например: несравнимо красивее и несравненно красивее. Но у слова несравненно есть еще значение 'превосходно, замечательно', например: он танцует несравненно.
Вы совершенно точно выделили и охарактеризовали одну из проблемных областей в действующих правилах пунктуации. Действительно, правило вроде бы обязывает не ставить тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит любое наречие или, в соответствии с некоторыми справочниками, обстоятельство. Такую строгую, не допускающую отступлений формулировку можно встретить во многих учебных пособиях по пунктуации, а также в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006).
Однако Д. Э. Розенталь, видимо, понимал, что это правило не должно быть жестким, правилом-предписанием, что возможны отступления от него. Т. е. это правило фиксирует лишь тенденцию. Поэтому в наиболее полном своде Дитмар Эльяшевич пишет о предложениях с наречиями как о тех случаях, когда тире обычно не ставится. И Ваши наблюдения это подтверждают.
Классический пример в правиле о непостановке тире перед наречиями – предложения с временнЫм наречием: Сергеев теперь известный художник; Москва теперь порт пяти морей; Кино по-прежнему самый массовый вид искусства. Такие наречия являются не определениями к сказуемому-существительному, а обстоятельствами, которые примыкают к опущенной связке (*Сергеев есть (когда?) теперь известный художник). Вы же выделяете другой тип наречий – со значением меры и степени, которые синтаксически связаны с определением при существительном (Прибыль – более гибкий показатель. Гибкий (в какой мере?) более.) Подобных примеров в справочниках нет.
А. Б. Шапиро считал, что несогласованный второстепенный член, относящийся к сказуемому-подлежащему своим местоположением указывает на границу между составом подлежащего и составом сказуемого. Именно поэтому перед такой распространенной группой сказуемого тире не нужно. Это рассуждение логично. Оно представляет собой попытку определить функцию тире в подобных предложениях. Но кажется, что этот принцип не работает. Тире в приведенных Вами предложениях с наречиями меры и степени более частотно, чем его отсутствие. По-видимому, необходимо более глубоко исследовать эту область письма и уточнить правила.
До этого считать ошибкой постановку тире перед наречием меры и степени вряд ли правильно и следует принимать оба написания.
Нужно искать соответствующее прилагательное, от которого образовано это наречие - скрупулезный. Производные наречия, как правило, не приводятся в словарях в качестве заголовочных единиц словарных статей.
Большой толковый словарь
СКРУПУЛЁЗНЫЙ, -ая, -ое; -зен, -зна, -зно. [от лат. skrupulosus] 1.Точный до мелочей, чрезвычайно тщательный. С-ая разработка проекта. С-ая работа. С. разбор сочинения. С-ая подготовка издания. С-ое изучение материалов следствия. С-ая фиксация наблюдений. 2. Соблюдающий абсолютную точность, тщательность в чём-л. С. человек. С. исследователь. <Скрупулёзно, нареч. Очень тщательно. С. выполнять все рекомендации. С. проверить точность расчётов. Скрупулёзность, -и; ж. Излишняя с. С. анализа, исследования. С. расчётов. Ваша с. вызывает восхищение.Со скрупулёзностью, в зн. нареч. Вести наблюдения со скрупулёзностью учёного.
Названные Вами сочетания возможны.
Большой толковый словарь
Правильно: невидимый глазу ручеек.
В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (7-е изд. М., 2010) указано следующее. Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют: а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни; б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.; в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни; г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия. Во всех остальных случаях они пишутся слитно.