Отдельного слова, которое бы называло самца кукушки, в современном русском языке нет.
Вы приводите примеры склонения существительных твердой и мягкой разновидности. Окончания у них одинаковые: не забывайте, что буква Я обозначает мягкость предыдущего согласного и звук [а], буква Ю – мягкость предыдущего согласного и звук [у]. Теперь сравниваем окончания: ок[на] – мо[р'а], ок[ну] – мо[р'у]. Окончания одни и те же.
Что касается формы винительного падежа у существительных 2-го (по школьной грамматике) склнения, то здесь дело в одушевленности/неодушевленности. У одушевленных существительных винительный падеж совпадает с родительным (вижу деда, вижу коня), у неодушевленных – с именительным (вижу стол, вижу пень).
Кофе – существительное мужского и среднего рода. Мужской род – строгая литературная норма, средний род – допустимое разговорное употребление. См. также Горячую десятку вопросов.
Корректно: МОЛКОМ стал или компания МОЛКОМ стала...
Если аббревиатура распространенная, то можно выяснить род при помощи словаря. В противном случае род аббревиатуры обычно соответствует роду центрального по смыслу слова в расшифровке (и в переводе) аббревиатуры.
Это слово с дополнительным оттенком значения:
ШУБЕЙКА, -и; мн. род. -беек, дат. -бейкам; ж. Разг.
Короткая или нетёплая, изношенная шубка. Старенькая, беличья ш. Замёрзла в своей шубейке. Ш. выше колен.
Словарная помета "с." означает не существительное, а средний род - в том случае, когда слово выступает в роли существительного.
Все названные Вами слова могут употребляться и как прилагательные (несогласованные определения), и как существительные.
В словарях, изданных в последние 20-30 лет, добавился средний род слова кофе для разговорной речи.
Род таких существительных определять не принято.
Из БСЭ:
Козлобородник (Tragopogon), род растений семейства сложноцветных. Дву- или многолетние травы, содержащие млечный сок. Листья линейные или ланцетные. Цветки язычковые жёлтые, реже розовые или пурпуровые, в крупных корзинках с однорядной обёрткой. Семянка с хохолком. Более 150 видов в умеренных областях Старого Света. В СССР около 80 видов, главным образом на Кавказе и в Средней Азии. Наиболее распространены по лугам и лесным полянам К. луговой (Т. pratensis) и К. восточный (Т. orientalis).
