Сравнительный оборот с сочетанием как и обособляется: Поэтому, как и вчера, — две тысячи рублей. Предложение Поэтому — две тысячи рублей невозможно назвать эллиптическим, так как в нем пропущено не только сказуемое, сравним: Поэтому [вы должны заплатить] две тысячи рублей; Поэтому [я принесу вам] две тысячи рублей. Это контекстуально неполное предложение.

Форма винительного падежа корректна.

Обособление таких обстоятельств факультативно. В приведенном предложении обособление можно рекомендовать для удобства чтения. 

Ответ на этот вопрос зависит от стиля текста. Поскольку такое употребление слова пузырь носит разговорный оттенок, то можно сказать, что чем более строг и серьезен текст, тем более уместны кавычки: они покажут, что это слово из обиходного употребления, и помогут обратить на него внимание тех читателей, которые пока с таким значением не знакомы.

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Поскольку кавычками выделяются слова непривычные, малоупотребительные, на которые автор хочет обратить внимание (Петушков «стрепенулся», а солдат вытянулся, пожелал  ему  «здравья» и вручил ему большой пакет, запечатанный казённой печатью), то, как нам представляется, в тех случаях, когда значение слова сидор прояснено контекстом (солдатский сидор, мешок-сидор), кавычки не нужны, хотя и возможны.  

Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую. 

Запятая не требуется. Предлог после означает, что сначала будет передана информация, а потом будет изменен договор. Предлог при может означать, что предоставление информации и внесение изменений произойдут одновременно.

Также следует обратить внимание, что в этом случае, скорее всего, нужно написать после предоставления информации. В значении "проинформировать" следует писать: предоставить информацию. Но: наглядно представить информацию в виде графиков.

Говоря о "практике письма" мы имеем в виду следующее. Одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому правило о неиспользовании кавычек при написании наименований типа Эмпайр-стейт-билдинг, Крайслер-билдинг и под. применимо только к устоявшимся и широко известным названиям.