Выбор варианта зависит от смысла: копия письма, содержащего... (само письмо содержит что-либо) и копия письма, содержащая... (копия письма содержит что-либо).
Нейтральный порядок слов именно таков: хлорид калия, глюконат кальция и т. п. В конструкциях, подобных приведенным Вами, он тем более удобен, что при двух родительных падежах подряд (использование хлорида калиция) на первом месте стоит главное слово сочетания. Думается, что иной порядок (кальция хлорид, кальция глюконат, кальция фторид и т. п.) удобен лишь в номенклатурах.