Внутри вопросительно-восклицательных предложений подобного рода слово знаешь (знаете), стоящее перед вопросительным словом, выступает в роли усилительной частицы и не обособляется: Самой вот знаешь как интересно? У меня знаете какие неприятности! См. справочник «Трудности русской пунктуации. Словарь вводных слов, сочетаний и предложений» О. А. Остроумовой и О. Д. Фрамполь (М., 2009).
Запятая в предложении не нужна, внутри вставного предложения можно поставить тире, так как оно неполное: Игорь Иванович (далее — доктор) осмотрел больного.
Предложение с прямой речью внутри авторских слов оформлено корректно.
Знаки препинания внутри таких конструкций не ставятся: Старый так старый; Умирать так умирать; Сыграл так сыграл.
Подобные конструкции, содержащие дополнительное замечание, уместнее оформить как вставки; вводное слово внутри вставки требует выделения: У многих (возможно, у всех) работников возьмут объяснительные; У многих (а возможно, даже у всех) работников возьмут объяснительные; У многих (даже, возможно, у всех) работников возьмут объяснительные.
Знаки препинания внутри этого предложения не требуются.
Формулировка в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя такова: «Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится)». В соответствии с ней в предложении действительно должна быть только одна запятая: Я его уж и не считала, сколько смотрела. Следует, однако, обратить внимание на слово обычно в формулировке правила, снимающее его категоричность.
Использование или неиспользование скобок при этих идентичных по функции сочетаниях диктуется их грамматическими особенностями. Сочетание именуемый далее Заказчик грамматически связано с базовой частью предложения — представляет собой согласованное определение к имени, частью конструкции NN, именуемый далее Заказчик (согласование — синтаксическая связь, при которой зависимое слово уподобляется главному в его морфологических признаках). Сочетание далее — Договор представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как Далее он именуется/называется Договор (наречие далее здесь обстоятельственный детерминант), оно употребляется внутри конструкций типа заключили настоящий Договор на оказание услуг (далее — Договор) о нижеследующем и грамматически не связано (ни падежными формами, ни как-либо еще) с базовой частью предложения.
Правилен второй вариант. Поскольку в этом случае внутри вставной конструкции находится вставная конструкция, каждую из них следует закрыть отдельной скобкой.
Да, обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии с внутри предложения уместно выделить запятыми. Подробнее об условиях обособления таких оборотов см. в «Справочнике по пунктуации».