Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.
Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.
Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".
Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.
Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.
Да, родительный падеж - города Московского.
Да, это географическое название склоняется.
Начните с рекомендаций нашего "Письмовника": Как склонять географические названия?
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если род этого слова не совпадает с родом топонима (на сочетания со словом город это правило не распространяется). Село среднего рода, деревня – женского, а Парижск – мужского. Поэтому: в селе Парижск, в деревне Парижск. Ср.: в селе Михайловском, в деревне Ивановке.
Географические названия, оканчивающиеся на -ы, обычно склоняются (даже если топоним не самый известный), по ассоциации с формами множественного числа. В «Словаре грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской зафиксировано: Саулкрасты – в Саулкрастах (также: Дубулты – в Дубултах).
Но в русском языке есть и несклоняемый вариант передачи этого названия – в форме Саулкрасти. Такая фиксация – в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко.
Топоним склоняется. Правильно: в Сколкове и в Сколково, но: в деревне Сколково. Подробно о склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Название Тосно не склоняется. Подробнее см. в "Письмовнике".