Запятая не нужна. Сложный союз: куда не то что (чтобы) не..., а (но).
Запятая нужна.
Правильно: врио директора. Слово врио зафиксировано в "Русском орфографическом словаре РАН" под ред. проф. В. В. Лопатина. Электронная дополненная версия словаря есть на нашем портале.