Верно: Cумма договора составляет 100 (Cто) рублей 21 копейку.
Можно считать это выражение устойчивым и не ставить запятую. Но и постановка знака препинания не будет ошибкой.
Верно: с 5200 рублями; с пятью тысячами двумястами рублями.
Запятая не нужна.