Корректен второй вариант.
Сочетание неудачно.
Согласны. Логически верно: Инструкция по идентификации опасностей, оценке и управлению рисками. Иначе получаются странные по смыслу сочетания "индентификация оценки" и "идентификация управления".
Верно: в сиянии; в сиянье.
Как правило: утверждение (одобрение, оформление) чего? и функции чего?
Если оценивается недвижимость, то правильно: оценка (чего?) недвижимости.