В нашем «Словаре улиц Москвы» такое название зафиксировано. Вот что пишет об ударении в этом названии «Словарь собственных имён русского языка» Ф. Л. Агеенко:
Колеблется в употреблении наименование Воротниковский пер. Назван по находившейся здесь с XV в. Воротниковской слободе, жители которой — «воротники» — охраняли ворота Кремля, Китай-города и Белого города. В прилагательном, образованном от слова «воротник» (сторож у ворот), ударение передвигается ближе к концу слова: воротниковский.
Ошибки нет. Не всегда место ударения в топониме совпадает с ударением в производных словах. Ср.: улица Островитянова и К. В. Островитянов (подробнее см. в ответе на вопрос № 243636).
Запятая не нужна.
С существительным переулок употребляется предлог в: в Бродниковом переулке.