Второй вариант лучше, поскольку он устраняет названную Вами неоднозначность фразы.
Правильно: открытому акционерному обществу «Племенной завод "Такой-то"».
Орфографически верно: поселок Сахарного Завода, поселок имени Морозова.
В словарях на нашем портале: заноза, зараза, зализа.
Присоединительный оборот с в том числе... отделяется запятой.