Правильно: Список учащихся, пропускающих занятия по ... дисциплинам.
Возможны оба варианта в зависимости от значения, ср.: мое хобби – занятия аэробикой (т. е. систематические, целенаправленные, регулярные). Но: иду на занятие по аэробике (т. е. одно конкретное занятие).
Вряд ли такое употребление можно назвать грамотным.