Если пишущий решил поставить логическое ударение на сочетании автор предложенного текста, а имени собственному придать уточняющий характер, то это имя собственное нужно обособить с помощью тире или запятой (см. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). В общем случае обособление не нужно (см. пункт 1 того же параграфа). 

Правильно: патолого-анатомический. Пишутся через дефис сложные прилагательные с первой частью на лого, производной от слова на -логический (геолого-... от геологический, морфолого-..., патолого-..., психолого-..., социолого-..., травматолого-..., физиолого-..., эколого-...), а также с первой частью на -ико, производной от слова на -ический, -ицинский (акустико-... от акустический, героико-..., клинико-..., медико-.. от медицинский), и с самостоятельно употребляемой второй частью.

Обороты с производными предлогами типа в соответствии с обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения. Впрочем, это обособление факультативно. Если автор хочет сделать логическое ударение на сочетании в соответствии с законодательством, обособлять его не нужно. О правилах и закономерностях постановки знаков препинания при подобных оборотах см. «Справочник по пунктуации» на нашем портале.

Знак ударения над словом что традиционно используется, чтобы показать: перед нами относительное местоимение что (на которое падает логическое ударение), а не союз что, который просто присоединяет придаточное предложение. Ср.: Я не знал, что он мне ответит (=не знал, что ответ последует). Я не знал, что́ он  мне ответит (=не знал, каким будет ответ; ударение на что). 

Возможны варианты пунктуации: Уже более двух лет прошло, с тех пор как я покинул этот город и Уже более двух лет прошло с тех пор, как я покинул этот город. В данном случае место запятой зависит от того, где автор хочет поставить логическое ударение. Подробнее о пунктуации в предложениях с составными подчинительными союзами читайте в «Справочнике по пунктуации».

Грамматические признаки качественного прилагательного предполагают возможность образования форм сравнения. Но эта грамматическое качество имеет совершенно определенные смысловые предпосылки и опирается на логическую процедуру сравнения признаков объектов. В обсуждаемом случае возникает резонный вопрос: существует ли (в реальности) то, что по степени обсуждаемого признака превосходит уже характеризуемое как безяпеляционное, то есть 'не допускающее возражений, сомнений, категоричное'?

Сочетание как обычно тесно связано со сказуемым в тех случаях, когда оно образует смысловой центр предложения, то есть на него падает логическое ударение и без него предложение не имеет смысла: День прошел как обычно; Он выступил как обычно. Сравним случаи, когда сочетание как обычно является вводным: День прошел, как обычно, в заботах; Он выступил, как обычно, зажигательно.

Несмотря на то что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться, в этом случае запятая обычно ставится и перед союзом (перед словом «несмотря»), и между его частями (перед словом «что»). Однако если логическое ударение падает не на глагол происходит, а на первую часть составного союза, запятую перед ним лучше не ставить.

Сочетание по крайней мере в значении «самое меньшее», «минимум», «хотя бы» (как в приведенном примере) не выделяется запятыми. Вместе с тем сочетание по крайней мере за то можно выделить как присоединительную конструкцию, если на слове простить автор хочет поставить логическое ударение: ...мы обязаны его простить, по крайней мере за то, что он был гением.

1. Слова прежде всего в отношении целей его деятельности корректно выделить запятыми или скобками, если эти слова носят характер попутного замечания, дополнительного пояснения. Если же на них падает логическое ударение, никакие знаки ставить не надо.

2. Точка с запятой в конце элемента перечня соответствует строчной букве в начале. Если же элементы перечня обозначены номером-цифрой с точкой и начинаются с прописной буквы, то в конце элемента перечня надо ставить точку.