Во втором предложении обе запятые не нужны, однородные обстоятельства для ускорения процесса оплаты и недопущения срыва запланированных сроков проведения экспертизы не нуждаются в обособлении.

Запятые не нужны. 

Недостает запятой перед словом только, которое стоит перед подчинительным союзом когда. Если в сложноподчиненном предложении перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе, в особенности, а именно, а также, а (но ) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом, например: Неповторим Ярославль, ни с каким городом не спутаешь его,  особенно когда  увидишь город с Волги (М. Рапов); Хорошо отдохнуть летом в деревне, в частности если год урожайный на грибы, ягоды; Он приехал вовремя, как раз когда  должны были начаться занятия; Перед ними предстал овраг, лишь когда  рассеялся туман; Он приехал в Москву, исключительно чтобы попасть в Большой театр.

Нужна запятая перед частицей только. 

Запятая не нужна: союз и соединяет однородные определения. 

Оборот город Санкт-Петербург можно выделить запятыми, а можно поставить перед ним тире.

Согласны с большинством. Обособить нужно ряд определений уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке, так как они оторваны от определяемого слова она. Сомнения могут быть связаны с тем, является ли данное сочетание определением или входит в состав сказуемого. Если бы не было обстоятельства времени, то могло быть так: Нарцисса выходит на палубу уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. В таком предложении один смысловой центр, фразовое ударение падает на однородные компоненты. Но обстоятельство времени не позволяет включить оборот в состав сказуемого, в предложении образуется два смысловых центра, два фразовых ударения: Нарцисса выходит на палубу спустя полчаса / уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. 

В Вашем предложении запятые не нужны. Но нужно исправить запись приобретение комплекта Клавиатура+мышь Acer. Если в ней дано официальное название, то оно должно быть заключено в кавычки: приобретение комплекта «Клавиатура+мышь» Acer или «Клавиатура+мышь Acer». Если это сочетание – не название, то лучше слова в нем согласовать, например, так: приобретение комплекта из клавиатуры и мыши Acer.

Запятые нужны. 

Запятую нужно поставить между частями сложного предложения: Всё проверили, и вот что удалось выяснить: <...>.