Здесь лучше: Вокзал служил не только пассажирским зданием, но и залом, где звучала музыка.

Предложение построено верно. Слова не только могут использоваться отдельно, не в составе союза.

Как правило, союзы при образовании аббревиатур пропускают (ведь есть не только И, но также ИЛИ, ЛИБО и т. д.), но это не обязательно (иногда они нужны для благозвучности аббревиатуры), при этом с союзом И существует множество аббревиатур. 

Запятая после можно необходима.

Дело в том, что § 60 «Правил русской орфографии и пунктуации» регламентирует написание слов, несколько отличающихся от прилагательного массачусетский в плане словообразования. Отличие состоит вот в чем. В словах, о которых идет речь в данном параграфе, удвоенная С на стыке корня и суффикса не только пишется, но и произносится: русский, арзамасский, т. е. никакого усечения основ не происходит. Слово массачусетский образовано иначе. Вот как пишет о подобных случаях академическая «Русская грамматика» 1980 года: «В образованиях с морфом -ск- и мотивирующей основой на сочетание "согласная + |с|", в том числе на сс, первая согласная суф. морфа фонетически поглощается финалью корневого: саксы  – сакский, Прованс – прованский, Уэльс – уэльский, Одесса – одесский, Пруссия и пруссы – прусский, Донбасс – донбасский» (§ 633, примечание). Это фонетическое поглощение согласного С отражается и в написании слова (о чем и идет речь в справочнике Розенталя).

Отметим также, что при решении вопроса о правописании слова следует руководствоваться словарной рекомендацией, если она есть, и правилом, если словарная фиксация отсутствует. В данном случае верно: массачусетский (от Массачусетс). Орфографическое различение двух значений прилагательного, на наш взгляд, создает неоправданные затруднения для пишущего.

Нельзя сказать: замалчивались документы. Кроме того, в этом предложении слишком много пассивных конструкций, выраженных возвратными глаголами (вводились, замалчивались, распространялись). Рекомендуем перестроить предложение.

Во всех трех примерах запятая после значит нужна.

Речь идет о государственных органах и различных организациях.

Дефисное написание части ядерно- рекомендовано не только в словаре Б. З. Букчиной, но и в «Русском орфографическом словаре» РАН. Объясняется такое написание, вероятно, наличием суффикса -н-  и сложившейся традицией писать подобные слова (большинство из них являются терминами) через дефис. Подробнее о проблеме слитных и дефисных написаний и особенностях словаря «Слитно? Раздельно? Через дефис?» можно прочитать в ответе на вопрос № 285801.

Определение, относящееся к двум или нескольким существительным – однородным членам, ставится в форме единственного числа, если по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему существительному, но и к последующим. Таким образом, верно: защищать свою честь и достоинство.