Наречное выражение в первую очередь обычно не требует обособления. Однако в некоторых контекстах слова в первую очередь сближаются по смыслу с вводными словами во-первых, прежде всего и могут быть выделены запятыми. Окончательное решение о постановке запятых принимает автор текста.

Во-первых, никаких «новых правил» не существует: официально действующими по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. Во-вторых, постановка запятой после слов с уважением обусловлена исключительно письменной традицией: запятую здесь принято ставить, хотя никаких пунктуационных оснований для этого нет.

Согласно "Большому толковому словарю русского языка" под редакцией С. А. Кузнецова на первый взгляд являются вводными. Другие справочники также дают противоречивые рекомендации по поводу обособления этого сочетания. Можно утврерждать, что решение о постановке запятой принимает автор текста.

Можем предположить, что авторы «Правил» использовали предлог на, поскольку правила регулируют поведение не только внутри транспортных средств (в этом случае нужно было использовать предлог в), но и на связанных с транспортом объектах: остановках, переходах и т. п.

Мягкий знак, действительно, выпадает при образований отчеств от имен, которые оканчиваются на мягкий согласный. Это норма языковая, но не юридическая. Юридических оснований для отказа в постановке мягкого знака в отчестве, насколько нам известно, нет (и приводимые Вами примеры об этом свидетельствуют).

Обособление таких оборотов вариативно.  См. об этом ответ на вопрос № 282603. Но в данном случае запятая не нужна, т. к. ее постановка создаст двусмысленность. Будет непонятно, к какому слову относится оборот как море – к слову огромный или к слову раскинулась.

Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.

Оба варианта верны. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает: «При наличии в количественно-именном сочетании слова несколько возможна постановка сказуемого как в форме единственного, так и в форме множественного числа».

Все знаки можно обосновать, кроме запятой после тебя. Эта запятая – ошибка. Не спящие надо писать раздельно.

Авторская пунктуация – это не постановка любого знака препинания в любом месте вопреки правилам, это предпочтение того или иного варианта пунктуационного оформления из числа разрешенных правилами.

Слово ротный в кавычки заключать не надо (это стилистически нейтральное слово, употребляемое в привычном значении). Что касается слов дембель и гражданка, то, поскольку это слова разговорно-просторечные, кавычки могут быть уместны (постановка кавычек даст возможность употребить разговорные слова в «серьезном» тексте).