Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Запятая ставится (союз И имеет присоединительное значение, причем он соединяет части сложного предложения).

Во втором предложении подчеркивается оттенок значения "итоговый" в слове "заключительный".

Как без рук - сказуемое (главный член предложения).

Разница в написании объясняется тем, что слово йогурт заимствованное, а ёжик исконное. Буквосочетание йо в начале слова или после гласных пишется в ограниченном круге слов иноязычного происхождения. К слову, в XIX и XX вв. не раз звучали предложения исключить из алфавита буквы я, ю, ё, э и писать йолка, или jолка, или iолка, но они не были приняты.

Запятая нужна, она ставится между частями сложноподчиненного предложения.

Пунктуационное оформление предложения корректно.

В указанном случае запятая не ставится.

Все три варианта возможны.

Можно считать слова "после этого" общими для обеих частей сложносочиненного предложения и не ставить запятую.