Верен второй вариант.
Корректно: Поддерживается версия протоколов 1 и 2.
Правильно: согласно разделу и приложению. Если слово Договор с большой буквы (как условное обозначение), то слова "указанного выше" не нужны.
Выбор формы единственного или множественного числа существительного зависит от того, какое количество задолженностей описывается: если у каждой компании по одной задолженности (или она для них общая), то верен первый вариант; при наличии нескольких задолженностей выбрать нужно второй вариант.
В такой конструкции требуется согласование по винительному падежу (допустить кого?).
Если речь идет о том, что кота кто-то нарядил, то речь может идти о смысловой ошибке.
Оба варианта возможны, но первый будет означать, что речь идет о нескольких видах чая и сока.
Буквенное наращение ставится после последнего числительного.
См. учебник Е. И. Литневской, раздел "Склонение существительных".