Правильно: с доплатой в размере 2375,9 рубля. 

Верны оба варианта. 

Правильно: 25844,31 рубля. Существительным управляет дробная часть: тридцать одна сотая рубля.

Запятые не нужны: причинен ущерб на сумму превышающую 5 млн рублей. Определительный оборот не обособляется, если определяемое слово само по себе не выражает нужного смысла и нуждается в определении. Не имеет смысла сочетание причинен ущерб на сумму.

Правильно: вы потратили тысячу пятьсот рублей на продукты. В составных количественных числительных склоняются все части, в данном случае все они должны стоять в форме винительного падежа. 

Фраза читается так: в комплекте с семью тысячами бонусных рублей; то же и при цифровой записи: в комплекте с 7000 бонусных рублей. Существительным рубль управляет слово тысяча. 

Корректно: на сумму тысяча рублей, на тысячу рублей. 

Пробел после запятой не нужен, такова традиция графической записи дробных числительных.

Общий смысл предложения заставляет полагать, что предлог согласно используется здесь для указания на источник информации и синонимичен предлогу по (см. значение 1.1 в «Большом универсальном толковом словаре русского языка»), а значит, оборот с этим предлогом следует выделить как вводную конструкцию, указывающую на источник информации.

Запись без предлога в допустима.