СО РАН (отделение) обязано.
Предпочтительно: "Гранд-Чероки".
Правильное написание слов – это вопрос не грамматики, а орфографии. Если бы гранд-отель мы рассматривали в качестве родового слова, нарицательного существительного в значении 'гостиница высшего разряда', а «Европа» – в качестве названия гостиницы, орфографически верным было бы написание гранд-отель «Европа».
Однако если все три слова входят в состав официально зарегистрированного названия отеля, то все сочетание должно быть в кавычках, прописные буквы также употребляются согласно зарегистрированному варианту.
Ударение остается на корне: до ко́сти.
Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.
Сочетание не ошибочно.