Предпочтительно: В комплект телефона входят две дополнительные крышки.
Оба варианта верны.
Возможны варианты: неукомплектованность (=отсутствие комплекта) и недоукомплектованность (= неполный комплект).
Как стилистически окрашенное (разговорное) слово - возможно.
Правильно: Порядок ... приведен в руководстве, входящем в комплект поставки.