Лучше в таких случаях использовать знак слеш: кро(с/сс)ворд, програ(м/ мм)а. Если слеш по каким-то причинам не подходит, то пробел после запятой нужен.
Правильно только: они пробегут.
Запятая в скобках нужна.
Перенести слово можно так: крос-совер, кроссо-вер.
Предложенные варианты соответствуют общим правилам переноса слов: не отрывать гласную букву от предшествующей согласной, из удвоенных согласных одна остается на строке, а вторая переносится. Перенос в соответствии с исторической структурой слова кросс-овер неудачен, так как будет затруднять чтение слова.
Аббревиатура роно пишется строчными.
Слова с первой частью кросс-, такие как кросс-культурный, кросс-платформенный и т. п., пишутся через дефис. Поэтому рекомендуем писать кросс-функциональный также через дефис.
