Запятая ставится.

Такой порядок слов возможен.

Подробно об этом читайте в "Справочнике по пунктуации". Корректная пунктуация: Я сидел дома не потому, что я болен, а потому, что я устал. Обратите внимание, что в этом предложении трижды повторяется слово я. Рекомендуем избегать таких повторов.

Не зная всего предложения, сложно ответить на сто процентов точно. Скорее всего, запятая не требуется, поскольку союз и соединяет однородные придаточные предложения.

Аббревиатуры такого типа могут быть представлены в речи как существительное мужского рода (с учетом фонетических признаков) и как существительное женского рода (с учетом родовой принадлежности опорного слова). Родовое варьирование обычно свойственно неологизмам, но оно может оставаться характеристикой аббревиатуры и на протяжении длительного времени. Представляется, что автору в одном тексте лучше всего придерживаться одного варианта, но не исключаем и возможности варьирования, если к этому располагает прозрачный, обоснованный грамматический выбор.

Правила рекомендуют разделять составной союз запятой, если перед первой частью союза стоят усилительные, ограничительные и другие частицы: Я не граммар-наци лишь потому, что добрая. В этом случае частица перетягивает логическое ударение на слово потому и главным смысловым компонентом предложения оказывается сообщение о причине того, что говорящий не вступает в ряды граммар-наци. Однако данное предложение можно осмыслить и произнести иначе. Возможно сделать два акцента, разделить на два смысловых блока: первый — самостоятельное сообщение Я не граммар-наци, а второе — о причине этого. В этом случае придаточная часть будет иметь характер присоединительной: Я не граммар-наци, лишь потому что добрая.